＞ 政府办公室

└ 巴州人民政府办公室

＞ 发展和改革委员会（粮食和物资储备局）

└ 巴州发展和改革委员会（粮食和物资储备局)

＞ 教育局（语言文字工作委员会）

＞ 科学技术局

└ 巴州科学技术局职责

＞ 工业和信息化局

└ 巴音郭楞蒙古自治州工业和信息化局

＞ 公安局

└ 巴音郭楞蒙古自治州公安局基本信息

＞ 民政局

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└ 巴音郭楞蒙古自治州司法局（2026年)

＞ 财政局

└ 巴音郭楞蒙古自治州财政局

＞ 人力资源和社会保障局

└ 巴州人力资源和社会保障局

＞ 自然资源局

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＞ 生态环境局

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＞ 住房和城乡建设局（人民防空办公室）

└ 巴州住房和城乡建设局

＞ 交通运输局

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＞ 农业农村局

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＞ 商务局

└ 巴州商务局主要职责和内设机构

＞ 文化体育广播电视和旅游局（文物局）

└ 巴州文化体育广播电视和旅游局（文物局）职责和内设机构

＞ 卫生健康委员会

└ 巴州卫生健康委员会

＞ 退役军人事务局

└ 巴州退役军人事务局

＞ 应急管理局

└ 自治州应急管理局

＞ 外事办公室

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＞ 审计局

└ 巴音郭楞蒙古自治州审计局

＞ 国有资产监督管理委员会

└ 巴音郭楞蒙古自治州国有资产监督管理委员会职能配置、内设机构和人员编制规定

＞ 市场监督管理局（知识产权局）

└ 巴音郭楞蒙古自治州市场监督管理局

＞ 统计局

└ 巴州统计局

＞ 医疗保障局

└ 巴音郭楞蒙古自治州医疗保障局

＞ 机关事务管理局

└ 巴州机关事务管理局主要职责、内设机构及负责人相关信息

＞ 信访局

└ 巴州信访局

＞ 林业和草原局

└ 巴音郭楞蒙古自治州林业和草原局

＞ 数字化发展局

└ 巴州数字化发展局